Az Egyetem első számú felelős vezetője és képviselője a rektor, aki eljár és dönt mindazokban az ügyekben, amelyeket jogszabály nem utal más személy vagy testület hatáskörébe.
Az Óbudai Egyetem rektora Prof. Dr. Kovács Levente.
A rektor az Egyetem alaptevékenységnek megfelelő működéséért felelős, ennek keretében gyakorolja az oktatói, kutatói, illetve tanári munkakörben foglalkoztatottak felett a munkáltatói jogokat, valamint az Nftv. 25. § (3) bekezdése szerinti megbízási jogviszonnyal kapcsolatos, a megbízót megillető jogosultságokat. Az oktatói, kutatói, illetve tanári munkakörben foglalkoztatottak, a megbízási jogviszonyban állók tekintetében illetmény, illetve egyéb jogviszonyra tekintettel történő juttatás megállapítására a rektor a kancellár egyetértésével jogosult.
Az Óbudai Egyetem rektora feladat- és hatáskörét részletesen az Óbudai Egyetem Szervezeti és Működési Szabályzat 1. kötete, a Szervezeti és Működési Rend tartalmazza.
A rektor a szervezeti és működési szabályzatban meghatározott jogköreit esetenként vagy az ügyek meghatározott körében helyettesére, vagy az Egyetem más magasabb vezető, vagy vezető beosztású alkalmazottjára átruházhatja. Az átruházott hatáskör gyakorlója a hatáskört nem adhatja tovább.